自南宋之後，禅宗衰微，明末憨山德清大师已有禅宗五家不振之叹，称临济宗风，独有紫柏真可大师可承续，然後继无人。至於民间，则以因莲池祩宏丶藕益智旭大师的倡导，以三教合一丶禅净双修为主流。虽然说禅净双修，但实是以净土宗称名念佛求往生为主，已经不是原有禅宗宗风了。
　　明末临济宗，密云圆悟法师，在浙江天童寺传授临济禅法。其弟子汉月法藏，作《五宗原》介绍禅宗五家，以圆相为万佛之祖，临济为正宗，但受到圆悟法师反对，作《辟妄七书》丶《辟妄三录》以反驳。法藏弟子潭吉弘忍作《五宗救》，为法藏申辨，并认为《辟妄》诸书为伪书，加以批判。清初，法藏一派在南方得到一些人的支持。清雍正皇帝，自许为禅宗血脉，编集《雍正御选语录》，并撰写《拣魔辨异录》，以上谕要求各地地方官对法藏丶弘忍一系的僧人严加调查取缔。表面上是为了维护佛门正统，实则是对各地僧人进行清查与思想控制，有清一代，禅宗大衰。